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网上报名1994年的分税制财政体制改革，出于区域发展战略和历史分配格局的延续性，为保证地方既得利益，原有分配格局暂时不变，而只对增量利益分配进行了重大改革。由于落后地区财源基础薄弱和税收增长相对乏力的现实情况，制约了中西部地区财税增长的速度，拉大了地区贫富差距。其次，以第三产业为主要税源的营业税被设计为地方财政的主体税种，通常经济落后地区往往第三产业不发达，营业税税源增长缓慢，影响地方财政收入增长水平。另外，烟酒类、汽(柴)油类等征收消费税的产业，在中西部地区产业构成中占有很大比例，税收收入中所占比重相应较大，由于消费税全部列为中央收入，削弱了中西部地区财力自我积累能力。
研究表明，税收管辖权通过征收管理体制的倾向达到税收分配政策效果。在我国表现为由于税源转移制度性因素导致的区域发展差距，存在着向经济发达地区倾斜的现象，在相当程度上内在地扩大了区域间税收收入的差距，从而影响了不同地区间政府收入能力水平。例如，现行税法规定，统一核算的集团型企业的企业所得税缴纳是由核算地企业汇总缴纳，而汇总纳税使企业所得税集中于少数大集团公司总部或省级政府财政。
税收制度层面导致的隐性的区域间收入再分配，强化了这种差距的传递。表现在：一方面，我国税收体系以间接税为主体，增值税是我国商品税的主要税种，占流转税收入的40%以上。由于东部地区生产技术水平先进，加工工业能力强，输出商品增值能力较大，进而能带来较多税收收入。而中西部不发达地区受工业现代化程度约束，产业结构较低，需要从东部发达地区输入大量中高档日用消费品，而且，以原材料及初级产品和劳务输出较多，产品附加值低，增值能力差。这样一来，在商品及生产要素的流动过程中，增值税转嫁性使增值税收入在区域间发生了转移，既中西部落后地区消费者过多负担了东部发达地区输入产品所含税金。而更深层次问题是，受各地政府争取流动税源的影响，各地区的生产企业或销售企业，往往通过在其他地区设立分支机构方式，人为地把一部分增值税税源转移到企业总部所在的地区，在这一过程中，中西部落后地区与东部发达地区竞争中处于劣势。另一方面，不发达地区还受到集团公司或跨国公司冲击，使不发达地区所得税基受到侵蚀，税收收入减少。集团型企业跨地区或跨行业经营的情况较多，不同地区适应税率不同，关联企业利用地区之间和企业之间的所得税政策差异和执法力度的差异，通过税收筹划转移费用和利润，以逃避或减少应交纳的企业所得税。由于东部地区经济发达，聚集了众多企业集团公司总部，享受优惠政策较多，所得税税率较低，各种要素资源在集聚过程中带来了丰富的税源，增强了地区税收汲取能力。而中西部地区中央与省级企业集团公司较少，税源流出或转移较多。以上这两个层面因素叠加在一起，使东部地区收获了更多的利益，而相应扩大了中西部不发达地区税源流失，减弱了中西部地区税源汲取能力。