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网上报名一是要关注农产品销售发票开具方是否已经享受免税政策。由于政策规定购货方取得农产品销售发票可以抵扣的前提，是销售方没有享受增值税免税优惠政策，但是在实务中，购货方很难及时掌握了解销售方是否享受了增值税免税优惠政策。如《国家税务总局关于小微企业免征增值税和营业税有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第57号)规定，自2014年10月1日起，增值税小规模纳税人月销售额不超过3万元免征增值税，以季度为纳税期的销售额不超过9万元免征增值税。若小规模纳税人是按季申报纳税，如季度中间开具发票，销售方往往自己也不确定是否纳税(超过起征点)。同时由于商业秘密等原因，购货方有时很难及时了解销售方是否享受免税政策，这无疑会给购货方取得农产品销售发票抵扣进项税带来涉税风险，擅自抵扣了进项税额，给企业带来不必要的涉税风险。
二是要关注可以抵扣的隐含条件。根据《增值税暂行条例》第八条第(三)项规定，购进农产品按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。其中“农产品”的定义由《增值税暂行条例实施细则》第三十五条第(一)项进行了界定，范围由《农业产品征税范围注释》(财税字〔1995〕52号)具体限定。纳税人如果购进的货物不属于《注释》范围的农产品，则不能抵扣进项税额，否则将面临涉税风险。
三是要关注特例。尽管财税〔2012〕75号文件对增值税一般纳税人取得农产品销售发票抵扣进项税额作了限制性规定，但是这些限制性规定与《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81 号)第二条规定是相悖的。财税〔2008〕81号文件规定，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。