依据《中华人民共和国增值税暂行条例》 第十条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣: (一)用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务;所以是不能抵扣的
根据财政部、国家税务总局《关于污水处理费有关增值税政策的通知》【财税[2001]97号】的规定:根据国务院《关于加强城市供水节水和水污染防治工作的通知》【国发[2000]36号】的规定,对各级政府及主管部门委托自来水厂(公司)随水费收取的污水处理费,免征增值税。根据《增值税专用发票使用规定》【国税发[1993]150号】第四条的规定:销售免税项目不得开具增值税专用发票。因此自来水公司收取污水处理费时不能开具增值税专用发票。