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网上报名公司代扣代缴的税款如个人所得税、代非居民企业缴纳的增值税及附加税费、企业所得税等是可以向税务机关索取“手续费”的。根据规定，法律、行政法规规定的代扣代缴、代收代缴税款，税务机关按代扣、代收税款的2%支付给代扣代缴义务人(其他情况的支付比例详见《财政部国家税务总局中国人民银行参考关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》
1、增值税
有的地方规定：代扣代缴个人所得税的手续费返还，根据现行税收法规，代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务——代理经纪服务”缴纳增值税。
有的地方规定：根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《财政部国家税务总局中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》的规定，负有代扣代缴个人所得税义务的纳税人，按照有关规定取得的代扣代缴个人所得税手续费，不缴纳增值税。
因此
2、所得税
针对代扣代缴税款的手续费收入情况来看是不符合上述两种情形的，因为对手续费的使用并没有指定特定的使用用途，具体的管理规则和要求纳税人单据进行核算，这就不符合不征税收入的规定。目前并没有相关法律法规和规范性文件单独指出代扣代缴税款的手续费收入属于免税收入，所以企业因代扣代缴税款的返还手续费应计入企业的应纳税所得额，应计征企业所得税。
《财政部国家税务总局中国人民银行参考关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(财行[2005]365号)。第三项第六条规定“三代”单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于“三代”管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。在实务中确实有单位把这部分钱拿出来奖励财务人员，但问题来了，对于个人取得的奖励收入是否需要交纳个人所得税呢?《财政部、国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》(财税字[1994]20号)明确规定个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费，暂免征收个人所得税。因此个人取得此笔款项可以免交个人所得税。此外，企业支付此笔款项增加支出，可以增加工资总额进而加大税前扣除”三项经费“的扣除基数。
个税手续费返还的用途
一般应用于代扣代缴工作的管理性支出，也可用于奖励相关工作人员。
个税手续费返还，是指企业代扣代缴员工个税时可以相应地从税务机关按2%比例取得返还的手续费。
对于这笔返还款的使用，相关文件做出了规定：
1、《财政部国家税务总局中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(财行[2005]365号)“(六)‘三代’单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于‘三代’管理支出，也可以适当奖励相关工作人员” 。
2、《个人所得税代扣代缴暂行办法》(国税发[1995]065号)规定“对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2%的手续费。扣缴义务人可将其用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员。”
根据上述文件规定，对于企业取得代扣个人所得税代手续费返还，从用途上讲应该有两种，一种是用于代扣代缴工作的管理性支出，另一种是用于奖励有关工作人员。但需要注意的是，该文件规定用途并不是强制性的，只是表示“可以用于”。
因此，该笔返还款具体使用方式，企业还是有自主权的，由企业自行决定使用方式。